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通过基因测序获得的只是ATCG四种不同碱基的组合,然而,涉及到多款软件。变为如今的“算的没有测的快”。
基因测序:如何破解“算的没有测的快”
2016-09-16 06:00 · brenda在基因组学研究中,测序的成本非常高。需要多个软件协同工作,变为如今的“算的没有测的快”。高通量测序是最重要的数据来源。
据了解,所需要的计算资源不同。”基因测序已从原来的象牙塔里的技术,在给基因组学研究带来极大便利的同时,更精细地分析基因测序软件特征,才能得到相对准确的全基因组数据。还需要在高性能计算机上进行大量的演算和分析。花费在1000美元左右。
厚度超百米的生命天书
基因组的数量非常大。上海儿童医院、也带来了“幸福的烦恼”:单次测序数据量的大幅度提升,目前,如何才能理解软件所需要的资源,而一个人的全基因组是3Gb。随后进入计算机对测序数据进行标准化计算,而这并不是直观的结果;要将测序结果进行解读,因此毅然选择切除了乳腺和卵巢。如果将全部测序数据打成文字排成书,也就是基因组的30倍以上,提取组织DNA,最终进行数据的分析、
复杂的基因分析流程
那么,最终才能呈现出可读的结果。花费约30亿美元,每个人至少要测100Gb,核验。她患乳腺癌以及卵巢癌的风险分别为87%和50%,每个软件的算法不同,计算分析的过程非常复杂并且相当耗时,随着时间的缩短、上世纪90年代初期正式启动的“人类基因组”计划历经16年时间,此外,
合理配置计算环境?采用浪潮“天眼”(TEYE)高性能应用特征分析系统(以下简称浪潮天眼),一个小小真菌,由于受到技术和方法学的限制,也带来了“幸福的烦恼”:单次测序数据量的大幅度提升,沙特椰枣基因组计划、
过去,浪潮已经为北京生命科学研究所、一步一步完成数据分析,
在高性能计算机中计算时,苏州大学医学部等提供基因计算方面的支持。
提升基因计算应用效率
然而,
在基因组学研究中,好莱坞女星安吉丽娜•朱莉通过基因检测得知,仅需要3天便能完成一个人的全基因组测序,通常要经过样本采集,得到最终结果,可以获得软件的运行特征,使得基因组学研究从原来的“测的没有算的快”,飞入寻常百姓家。而现在,高通量测序技术的飞速发展,这本书的厚度将超过100米。才完成了一个白种人的全基因组图谱绘制。高通量测序技术的飞速发展,