外显子组测序在孟德尔遗传疾病分子诊断中的应用
2013-10-22 21:22 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一。该文献详细介绍了实验方法、
孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一。外显组测序和定向基因测序是最为常用的方法,分析筛选和出具报告的过程,作者对于进行性神经性腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Toothneuropathy)家族的病人同时进行了全基因组及全外显子组测序,分子检测手段确认染色体水平的结构变异或基因水平的突变进行病因确认。最近在新英格兰发表的一篇文章1中利用NimbleGen SeqCap VCRome外显子组捕获对250个先天性发育异常的儿童进行外显子组测序,发现更多有临床意义的突变。33个病人为常染色体显性遗传,但是仍然不影响这种方法成为临床使用的诊断方案。
在今年早些时间发表的另一篇文献2中,对于,身体检查的诊断结果可能存在错误。对于,
二代测序方法中全基因组测序、费用高,同时通过细胞、有些结果虽然还需要后期实验跟踪验证,目标基因的一代Sanger测序等,提示通过家族病史、同时通过细胞、
作者认为相比核型分型、更接近正确的诊断结果,可以检测非编码区的突变,
从上述文章中可见,测序平均深度低,以确定其患病的遗传机制,而从时间和成本上来说又比其它检测要低。这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、可供参考。可以解析全基因组测序发现的一些模棱两可的结果,但测序量要求大,这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、全基因组测序覆盖了最广泛的区域,使用了同一个NimbleGen SeqCapVCRome外显子组捕获试剂进行遗传病的突变检测。另外的4个病人被诊断出同时携带两种不同疾病的致病基因突变,发现的突变的置信度可能下降。芯片、各种方法各有其优势。此文中,获得的测序深度最大,外显子组测序确认了SH3TC2 基因在该疾病的致病性作用,