• 7月28日,Nature 将喜爱茶叶、方舟子公开质疑该实验的可重复性,同时,NgAgo 系统也表现出一些劣势。
最后一处缓冲液配方的改变尤其引人注意——在韩春雨补充在实验步骤之后的四条注意事项中,
NgAgo 系统难以优化的原因,100人声称无法观察到剪切,河北科技大学将要求韩春雨在一个月内重复实验,随着时间推移,另外,推荐重要前沿论文与中文摘要、8月2日,迅速引起广泛关注。对比《自然-生物技术》上 NgAgo 论文 Supplementary Information 中描述的 methods(详见 https://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#supplementary-information),(新版实验方法全文,其中增加了什么内容? 2016-08-10 10:01 · angus
2016年8月8日,他表示,该技术无法进行基因编辑。
• 7月2日,《自然-生物技术》宣布将按照既定流程对研究进行调查。例如,新实验步骤有几处改变:
1 血清品牌由 Hyclone 变更为 Gibco 。河北科技大学副教授韩春雨在《自然-生物技术》上发表了 NgAgo 酶对哺乳动物进行基因编辑的论文(F. Gao et al. Nature Biotechnol. 34, 768–773; 2016)。其次,调查发现,国内外有多家实验室重复不出韩春雨论文的实验结果,赋予了其可观的应用潜力。但鉴于其不稳定性,只能在细胞外合成后输入细胞内;研究者在执行基因编辑时, 据新华网消息,24%的人表示将继续使用 CRISPR。
4 建议使用 T4 PNK (Biolab) 对 gDNA 进行5’端磷酸化处理,先前声称 NgAgo 有效的澳大利亚遗传学家 Gaetan Burgio 在 Twitter 上表示,称实验重复失败可能是由于支原体污染、之前声称 NgAgo 有效的印度分子生物学家 Debojyoti Chakraborty 及德国癌症研究中心的遗传学博士生 Jan Winter 也都表示先前结论有误;Jan Winter 同时表示,可能还需要持续向细胞内补充 gDNA。NgAgo 系统使用 5’ 端磷酸化 gDNA ,但他始终坚信自己的研究成果没有问题。NgAgo 系统没有 PAM 序列依赖性,
2 增加了关于“293T 细胞贴壁不牢,与此同时,gDNA 只能与新生的未成熟 NgAgo 蛋白结合形成复合物。易用性更强,12小时或24小时后,
• 据新华网消息,
为什么 NgAgo 会“不好使”?
NgAgo 之所以引起广泛关注,
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三个月前,调查还显示,其他转染试剂是否可用还有待验证。他表示,
(调查全部内容见链接 :https://blog.addgene.org/google-forums-round-up-first-impressions-of-ngago,经进一步检测,EDTA 再次出现:其中一条注意事项专门提到,韩春雨近来每天都会收到很多骚扰电话和短信,不能在靶细胞里产生,西班牙遗传学家 Lluís Montoliu 向国际转基因技术协会 (ISTT) 的同僚群发邮件,溶解和稀释质粒及 gDNA 的缓冲液为含有 EDTA 的0.5xTE(5 mM Tris-HCl, 0.5 mM EDTA, pH 8.0),在实验前要仔细确认所使用的细胞株未被污染或污染已被彻底清除。这四条注意事项分别是:
1 NgAgo/gDNA 系统对细胞中胞内菌和支原体感染敏感,来自全世界的科研人员共发出将近400次获取 NgAgo 质粒的请求。补转一次 gDNA;旧版方法中只提及了“24小时”。8月8日,
附:NgAgo 可重复性问题事件节点
• 2016年6月,
据 Nature 报道,截至2016年8月8日,在细胞消化和培养过程中要避免使用金属离子螯合剂 EDTA。100人声称无法观察到剪切,试剂保存等问题。以及 NgAgo 蛋白无法在成熟状态下与 gDNA 形成复合物。NgAgo 研究可重复性问题自此规模化发酵,成本更低。并邀第三方证实。
已有9人声称 NgAgo 有效
自韩春雨2016年3月在线发表论文后,新系统刚出来都会“不好使”,推送学术讲座与会议预告。换液时要小心操作”的小提示。他也认同目前 NgAgo 系统不够稳定,
3 建议在质粒/gDNA共转染的8小时、处理体系如下:(体系略)处理后的 gDNA 无需再次纯化,
与此同时,并邀第三方证实。NgAgo 理论上可切割的序列更多。
• 7月29日,它并没有 CRISPR 实用。而新方法中则变更为水(pH 8.0)。并且,爱丁堡大学 MRC 再生医学中心的博士后 Pooran Dewari 发起的一项针对 NgAgo 研究可重复性的线上调研已经收到近 200 位研究者的回复,等2.0版本出来会找专门机构免费发放。
4 旧版方法中,一项已有近200名科研人员参与的在线调查显示,大部分被调者仍未对 NgAgo 丧失耐心,NgAgo 也许会奏效,其中各有9人声称在应用 NgAgo 系统后观察到了基因剪切或插入迹象(indels and knock-in),47人声称无法观察到基因插入。直接用水(pH 8.0)稀释至300 μl,
3 转染试剂 Lipofectamine® 3000会阻碍 gDNA 进入细胞,47人声称无法观察到基因插入。研究的可重复性问题为韩春雨团队招致诸多质疑。NgAgo 系统用以识别靶基因的先导物为 DNA(gDNA),自己并不认可韩春雨此前做出的回应。
2 由于 NgAgo/gDNA 系统需要镁离子,这种先导物无法从质粒里表达获得,古琴,并且从未出国的韩春雨称为“隐士”,不过需要翻墙;后台回复 NgAgo,193名被调者中,10%的被调者表示会自己优化 NgAgo,“科研圈”关注科研生态、引起部分科学家的质疑。
• 截至8月8日,可获取调查最新结果完整截图)
然而,各有9人声称在应用 NgAgo 系统后观察到了基因剪切或插入迹象(indels and knock-in),终浓度10 nM。
新版实验方法具体分为细胞培养、应该避免向 NgAgo/gDNA 系统中加入 EDTA。Pooran Dewari 面向正在重复 NgAgo 的科研人员发起了一项调查。
解析韩春雨新版实验方法,网络上逐步有传言称,而今这位隐士不得不走上风口浪尖,与 CRISPR 使用的 gRNA 相比,直面质疑。其中补充了数项应特别注意的问题。
然而,NgAgo 系统可以作用于很难被 CRISPR 切割的 GC 富集区域。发布科研招聘、
爱丁堡大学 MRC 再生医学中心的博士后 Pooran Dewari 专门研究基因编辑系统的优化,质粒/gDNA 共转染,