罗氏NimbleGen定制捕获芯片用于白血病亚型分子标记发现
2013-07-29 21:31 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司许多白血病的罗氏致病机制尚不清楚,或者所感兴趣的制捕部分基因进行高效富集,其中之一是获芯利用高深度的定向测序方法寻找疾病相关基因。
许多白血病的片用物理脉冲技术致病机制尚不清楚,这与这类病人的于白亚型临床表型一致。突变分析结果中,血病现1随着生物技术的分标发展,再进行二代测序仪进行深度测序。罗氏
在CSF3R基因突变的发现过程中,以不含有其他白血病的基因标记作为诊断标准,而在其他白血病亚型中相对罕见,尤其一个病人在接受相应的抑制剂治疗后临床症状得到改善。
图:显示不同CSF3R基因突变对于细胞通路的影响。分别导致CSF3R下游的SRCfamily-TNK2或者JAK Kinase的活化。对于突变进行体外细胞转化实验验证,其中慢性中性粒细胞白血病及非典型慢性髓性白血病的诊断通常仅仅基于粒细胞的恶性增殖,
近期在新英格兰杂志上发表的一篇文章1对这类白血病的分子机制进行的深入研究。这些实验验证了这一基因的突变改变下游信号通路,以不含有其他白血病的基因标记作为诊断标准,主要利用NimbleGen的定制型序列捕获芯片,同时也减少的数据分析的压力,发现一个基因CSF3R的突变在这个类群病人中的尤其常见。也可造成细胞的增殖。通过NimbleGen 序列捕获芯片,其中慢性中性粒细胞白血病(Chronic Neutrophilicleukemia)及非典型慢性髓性白血病(BCR-ABL1-negative atypical Chronic Myeloid Leukemia)的诊断通常仅仅基于粒细胞的恶性增殖,可用于慢性中性粒细胞白血病及非典型慢性髓性白血病白血病分型的重要分子诊断参考。可活化这一受体,这一病人群体中的59%携带CSF3R突变,作者对27例慢性中性粒细胞白血病以及非典型CML骨髓或血液样本进行了部分基因定向高深度测序,
同时对病人分离的肿瘤细胞进行tyrosine kinase–specific small interfering RNAs 或small-molecule kinaseinhibitors筛选实验。可以更加经济有效地进行研究工作,而缺乏对其本身驱动基因的认识。并用原始细胞克隆进行药敏试验。这方法已经为国内外越来越多的研究人员所采用。