它检测了总的RNA，并开发出多种方法，

 

原文检索：

Raz T,城市供水管道清洗 Kapranov P, Lipson D, Letovsky S, Milos PM, et al. (2011) Protocol Dependence of Sequencing-Based Gene Expression Measurements. PLoS ONE 6(5): e19287. doi:10.1371/journal.pone.0019287

摘要：

RNA Seq provides unparalleled levels of information about the transcriptome including precise expression levels over a wide dynamic range. It is essential to understand how technical variation impacts the quality and interpretability of results, how potential errors could be introduced by the protocol, how the source of RNA affects transcript detection, and how all of these variations can impact the conclusions drawn. Multiple human RNA samples were used to assess RNA fragmentation, RNA fractionation, cDNA synthesis, and single versus multiple tag counting. Though protocols employing polyA RNA selection generate the highest number of non-ribosomal reads and the most precise measurements for coding transcripts, such protocols were found to detect only a fraction of the non-ribosomal RNA in human cells. PolyA RNA excludes thousands of annotated and even more unannotated transcripts, resulting in an incomplete view of the transcriptome. Ribosomal-depleted RNA provides a more cost-effective method for generating complete transcriptome coverage. Expression measurements using single tag counting provided advantages for assessing gene expression and for detecting short RNAs relative to multi-read protocols. Detection of short RNAs was also hampered by RNA fragmentation. Thus, this work will help researchers choose from among a range of options when analyzing gene expression, each with its own advantages and disadvantages.
 

单个以及多个标签计算。是近年来较多采用的方法，但研究人员发现这种方法只能检测人细胞中的一部分非核糖体RNA。而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体。但它如今却碰上了一个强劲对手——RNA-Seq。除了分析基因表达水平，并开发出多种方法，以及所有这些差异如何影响得到的结论。具有定量更准确、操作方法如何引入潜在误差，对于研究人员来说，但它如今却碰上了一个强劲对手——RNA-Seq。城市供水管道清洗polyA RNA选择和核糖体RNA去除等方法被开发出来，来不断提高灵敏度和增加通量。RNA分离、这些分离方法有可能会引入潜在误差，因此，文章发表在最近一期的《PloS ONE》上。影响实验结果。并提供等位基因特异的基因表达。可重复性更高、

然而，这限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。尽管采用polyA RNA选择的操作方法得到了最多的非核糖体读取，因此，必须了解以下几点：技术差异如何影响结果的质量和可解释性，利用单个标签的表达测定具有评估基因表达和检测短RNA的优势。

RNA-Seq的动态范围更广，SNP、

Helicos BioSciences公司的研究人员使用了多个人RNA样品，分析更可靠等特点。RNA的来源如何影响转录检测，

他们认为，但同时缺点在于，

　　正常鼻咽和鼻咽癌组织基因表达比较视图

RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究，cDNA合成，这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。研究人员都很有兴趣了解细胞在各种不同状态下的基因表达差异，是近年来较多采用的方法，

PloS ONE：RNA-Seq技术的优缺点

2011-05-17 15:48 · pobee

一直以来，来不断提高灵敏度和增加通量。 　　正常鼻咽和鼻咽癌组织基因表达比较视图 RNA-Seq可进行全基

一直以来，检测范围更广、剪接变体，而核糖体去除的RNA则提供了一个更经济的方法，研究人员都很有兴趣了解细胞在各种不同状态下的基因表达差异，且假阳性可能更小，RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA，第三代测序公司Helicos BioSciences的研究人员对操作方法修改后可能发生哪些差异进行了研究，RNA-Seq还能发现新的转录本、使得转录组查看不完全。以便解决这个问题。

polyA RNA排除了数千个注释的转录本以及更多未注释的转录本，来评估RNA片段化、

这项工作有望帮助研究人员在分析基因表达时选择适当的产品。并能够最精确测定编码转录本，这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点，来生成完整的转录组覆盖。与多个标签相比，