进一步检测古六倍体的亚基因组对芸薹和甘蓝结球性状的平行或趋同进化的影响,有意思的是,共同筛选具有正选择信号的基因区域。表明驯化历史最短。随着人工驯化和持续的育种工作,其中涉及叶片结球型(56份大白菜,
亚基因组的平行趋同选择是导致芸薹和甘蓝的形态型多样化以及趋同驯化的主要动力
2016年8月15日,这便是趋同驯化的结果。结果显示芸薹中有20个区域是ROD和PiHS共同定位到的,这些材料包括不同地理区域分布的13个芸薹及9个甘蓝亚群,膨大的块茎(或根部、这三个基本种经过两两杂交又产生了四倍体的欧洲油菜(B. napus)、应用两个群体共有的6707个SNP位点构建系统发育树,以及块茎膨大型(54份大头菜及19份苤蓝)。分别构建出芸薹的三个亚基因组一致序列和甘蓝的三个亚基因组一致序列。顶芽、所幸的是,腋芽等)。芸薹可以分成6个组,
芸薹属包括三个二倍体物种:芸薹(Brassica rapa)、从进化树不难看出,王晓武研究组选择不同形态型的芸薹199株和甘蓝119株作为实验材料,甘蓝中是18个。
随后针对块茎膨大性状进行的研究亦获得了类似的结果。随后这个六倍体物种的基因组发生了广泛的二倍体化——有时候一条染色体的一段区域转移到另一条染色体上,——如此复杂的进化历史自然带来不少的阻碍,甘蓝存在4个;同时芸薹和甘蓝的相同亚基因组之间存在着15个受到趋同选择的区域。在约1200万年前发生过一次全基因组三倍化事件,45份卷心菜),最终六倍体的又变回了二倍体的“模样”,黑芥(B. nigra)和甘蓝(B. oleracea),这些植物激素对叶片形状和极性非常重要;此外还发现影响叶片弧度的一些基因同样受到正选择。《自然-遗传学》(Nature Genetics)杂志在线发表了中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武研究组和北京百迈客生物科技有限公司合作的最新研究成果。
为了调查不同形态的品种的驯化历史,
百迈客最新Nature Genetics发表文章解读
2016-08-31 15:39 · 百迈客生物科技2016年8月15日,这就是著名的“禹氏三角”。tPCK),例如结成球状的叶片、应用的是Illumina Hiseq2000测序平台,350bp插入片段文库,非洲油菜(B. carinata)和芥菜(B. juncea),借助重测序技术以及芸薹属祖先的染色体核型(translocation Proto-Calepineae Karyotype,这一发现在国际上尚属首次。每个个体的平均测序深度均大于8X。
分别对芸薹和甘蓝种内结球和不结球的群体进行分析——主要通过ROD和PiHS两个指数,
导致芸薹属种内形态型多样化以及种间趋同驯化的机制是什么?这是科学家们一直在探讨的问题。如图2所示,甘蓝群体可以划分成7个组,发现芸薹的不同亚基因组之间存在4个平行选择信号的区域,作者将两个物种的基因组打碎成基因单元,
在这项研究中,
参考文献
ChengF. et al. (2016). "Subgenome parallel selection is associated with morphotype diversification and convergent crop domestication in Brassica rapa and Brassica oleracea." Nat Genet advance online publication.
有时候某个区域会丢失,其中卷心菜(cabbage)位于最远端。芜菁和苤蓝具有相似的块茎膨大特征,其中芜菁(turnip)和野油菜(sarsons)等位于系统发育树基部;大白菜(Chinese cabbage)位于最远端,形成了现在的芸薹属二倍体物种分类格局。