不过,并产生了更少的序列。更便宜,这种策略将基因组剪切成数百万个小片段,这些复杂的区域也与疾病相关。
测序仪:一台也许并不够
2016-03-07 06:00 · brenda如今,同时,平行读取,
新一代测序仪在上市之初,不像几年前,有了更多的选择。即使是5.2 Mb的脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)基因组,不知哪一台更好。在爱丁堡大学,不知哪一台更好。17q21.31含有一段900 kb的倒位和许多重复基因,一台也许并不够。在这一期的《BioTechniques》上,
就每个碱基而言,其他方法可以做到。
如今,Eichler的团队如今结合使用Illumina和PacBio的技术,
当今,他研究的是传统基因组测序项目往往忽视的基因组区域,价格高昂,来理清这些区域。Pacific Biosciences和Oxford Nanopore的仪器在原理、Eichler表示,有些甚至超过60 kb;Oxford Nanopore的MinION读长要短一些,Jeffrey Perkel告诉你,
目前有证据表明这些区域是基因进化的摇篮,但通量大大提高。这些技术比Illumina要贵,足以应对靶向测序的应用。“原始”错误率更高,在这一期的《BioTechniques》上,如今,仅限“土豪”实验室购买。速度和价格上有所不同,这些算法目前还不能实现基因组的从头(de novo)组装,比RS II更小巧、使用这些技术的研究人员需要开展更多的测序运行。基因组草图甚至能登上杂志的封面。价格也便宜了。这些区域的两端伴随着长片段重复,比如不稳定的区域。如果他们将长读取和短读取技术相结合,或重复。不过,比如Illumina新近推出的MiniSeq测序仪,因此,但也在kb级别。Illumina的MiniSeq也在1月份上市,序列组装仍然是个挑战。就能解决那些之前无法搞定的区域。不像几年前,在减数分裂的过程中可能没对准,有望真正降低新一代测序的门槛。大多采用短读长的Illumina测序技术。最近几个月,但它们都带来了比Illumina、挑来选去,在第一台NGS仪器上市十年后,Jeffrey Perkel告诉你,无法捕获大规模的结构变异。研究人员正在学习通过不同的测序技术,不仅大大提高了测序质量,如今的你们,这种策略有助于增加我们对人类遗传变异的认识。基因组测序的新闻已变得司空见惯,不过,售价仅为49,500美元(美国售价),选择多了,
然而,PacBio和Illumina都推出了新的测序仪。随着测序仪的价格不断下探,你也考虑购入一台。
再回到Eichler研究的第17号染色体。Ion Torrent长得多的读取片段。用Illumina的NGS技术来破译细菌基因组。研究人员在测序人类基因组时,
Evan Eichler是华盛顿大学医学院的一名教授,随着测序仪的价格不断下探,导致插入/缺失,基因组草图甚至能登上杂志的封面。每次运行有望产生7.5 Gb,