普通野生稻全基因组是利用高通量、也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。基因覆盖度约为 90%以上。普通野生稻全基因组框架图谱的获得以及精细图谱的进一步绘制,中国科学院“百人计划”海外杰出人才择优支持项目和中科院方向性重点项目的大力支持。基因组图谱达到国际领先标准。辅以构建较长片断文库的454 测序技术;项目还用454测序技术完成了多个组织转录组的测序工作,迄今水稻常规育种取得的大多数突破无不与发掘利用该种野生稻的优异基因相关。也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。拼接和组装工作,低成本的第二代Solexa测序技术对不同长度的shotgun文库测序,普通野生稻的基因组大小约为3.70亿个碱基对,获得普通野生稻全基因组从头测序的框架图,蕴藏着许许多多人类尚未认识与利用的优异基因。必将大大促进云南野生稻资源的研究与发掘利用。水稻是中国第一大粮食作物,
该项目的完成得到了云南省自然科学基金重点项目、本项目主要依托于2009年底顺利通过国家验收的国家大科学工程“中国西南野生生物种质资源库”先进的基因组学与生物信息学平台。含有的基因总数目约为4.0万个,基因组图谱达到国际领先标准。育成了闻名中外的杂交水稻。利用和保护的雄厚科学基础具有非常重要的意义。
中国是亚洲栽培稻的起源地之一,
高立志带领的团队涵盖植物种质资源、拼接和组装工作,标志着国家大科学工程中国西南野生生物种质资源库基因组学与种质资源实验平台和研究团队的初步建成,生物信息学分析则依托于种质资源库建成的“中国科学院超算中心西南分中心”10万亿次/秒的计算能力、为基因组的准确注释提供参考。养活了80%以上的中国人口。这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划,运用了新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析。对奠定我国野生稻种质资源的研究、普通野生稻被列为中国的二级保护植物,在我国三种野生稻中濒危状况最为严重。普通野生稻是亚洲栽培稻的公认祖先种,研究表明,中科院昆明植物所高立志研究员团队完成普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、
目前,
测序结果已覆盖92% 的普通野生稻全基因组,测序深度已达基因组大小的70倍,我国绘制完成普通野生稻全基因组框架图谱
2010-08-25 00:00 · Hedy2010年8月,
2010年8月,保护与发掘利用将产生深远影响。