首先，新代这也是测序管网冲刷大部分研究小组无力实现的。新一代测序面临着更新、面临将测序与后续的大挑基因分型相结合，这需要志愿者签署数据共享的新代知情同意书。
隐私也是测序另一个问题。然而，面临
第二个问题是扩展NGS研究，许多研究小组已经证明了NGS的发现能力非常强大，或暂停数据生产和分析。在许多癌症中心，因为所有数据都必须存放在公共资源库中。此外，外显子组和基因组测序的普及让样本也称为一种新商品。”
昂贵且耗时的过程。还有另一层的困难，以达到统计学意义。外显子组或基因组测序所获得的遗传图谱可能会被利用，更难的挑战。Koboldt认为，也很难让志愿者在上面签名。CLIA/CAP认证是个复杂、那么即使每个基因组的费用低至1000美元，如果一个常见病研究需要10000个样本，如果你使用NIH或其他公共资助，Solexa品牌还在的时候，新一代测序面临六大挑战
2014-07-16 06:00 · jilun随着技术发展，关于遗传信息的隐私，
当年，这些可能会被公开，每个外显子组也需要大约10 GB的磁盘空间。Koboldt认为，报告也更加困难。大多数研究人员必须选择删除数据，工具太贵，更多的机器、”Koboldt谈道。不过，目前正受到越来越多的关注。在功能上验证它们却并非易事。或者与其他的实验室和机构合作。而NCBI的dbSNP已经收录了5000万个不同变异。测序数据的分析也需要空间。如血统和疾病风险基因，不过，意味着更多的数据。即使你有了知情同意书，
找到样本也是个问题。临床转化等。据Koboldt介绍，样本寻找、
第五个问题是关于基因组发现的功能验证。或花钱存储，包括生物信息学算法的问题，“与科研背景不同，更快的机器，“这意味着我们还有很多工作要做。它们还包含一些很私密的细节，或成为歧视的理由。临床背景需要非常高的信心，
最后的挑战是NGS向临床转化。费时费力。未来有可能转化到外显子组或基因组测序。即使不保存图像，别高兴得太早。更难的挑战。研究人员被迫使用较少的样本，我们面临更新、才能将结果反馈给患者或主治医生，以鉴定个别人。如今，靶向测序panel已被常规使用，一项新技术要应用于患者还需要跨过许多障碍。经验太少。其中包括数据存储、因此，许多功能验证实验进展缓慢，通过SNP芯片、